Julien Pauly est né à Thionville (57). Il débute son apprentissage musical au Conservatoire de musique de Talange, avec Bernard Friang pour professeur de clarinette. Après avoir ensuite étudié quelques temps avec Jean-Claude Madoni (clarinette solo de l'Orchestre National de Lorraine), il intègre la classe de clarinette de Philippe Cuper (clarinettiste supersoliste de l'Orchestre National de l'Opéra de Paris-Bastille) au Conservatoire National de Région de Versailles, où il obtient successivement la Médaille d'or à l'unanimité (2001) et le 1er Prix de perfectionnement de clarinette (2002). Il complète ses études au CNR de Metz où il obtient la Médaille d'or puis le 1er Prix de perfectionnement de formation musicale, la Médaille d'or de musique de chambre à l'unanimité, la Médaille d'or d'écriture, et la Médaille d'or de Pédagogie musicale. Il se perfectionne auprès de plusieurs clarinettistes comme Richard Vieille, Michel Lethiec, Yves Didier, Armand Angster, André Trouttet et Jacques Di Donato.
Titulaire des Diplômes d'État de professeur de clarinette et de professeur de formation musicale, il enseigne ces deux disciplines dans des conservatoires de musique en Lorraine (Verdun, Amnéville et Woippy). Musicien curieux et aux centres d'intérêt musicaux et artistiques très larges, il s'intéresse à des domaines aussi divers que le jazz, l'interprétation du répertoire classique et romantique (avec l'Orchestre des Champs-Élysées), la musique improvisée, le théâtre musical, etc. Entre 2004 et 2007, avec Les Arts Mêlés , il créé plusieurs spectacles mêlant la musique aux arts visuels (danse, vidéo, cirque contemporain avec la compagnie Roue Libre et Extens'Art) et se produit de 2006 à 2008 avec l' Ensemble Narodna dans un répertoire de musiques traditionnelles des Balkans et de musique tzigane.
Il joue au sein de différents ensembles tels que le Cheik Yerbouti (quartet musique orientale-jazz-world), le chœur de clarinettes Souffle d'ébène , les orchestres d'harmonie des villes de Metz et de Thionville et l'orchestre symphonique d'Amnéville. Musicien supplémentaire à l'Orchestre National de Lorraine, il a été petite clarinette solo puis clarinettiste soliste de l'Orchestre National d'Harmonie des Jeunes.
Régulièrement sollicité comme partenaire de musique de chambre (par exemple avec Le Salon de Musique ) ou pour des prestations en soliste, il a ainsi eu l'occasion de s'illustrer notamment avec l'Orchestre National de Lorraine et différents ensembles dans des œuvres de Mercadante, Debussy, Mozart, Ponchielli, etc. Particulièrement intéressé par la musique contemporaine, il a créé plus d'une vingtaine d'œuvres pour diverses formations de compositeurs tels que Pierre Thilloy, Bernard Struber, Sylvain Kassap, André Bon, Anthony Cheung. Ses activités musicales l'ont amené à se produire lors de festivals divers comme celui de La Chaise-Dieu ou de la Côte-Saint-André, le festival de musiques nouvelles « Musique Action » de Vandœuvre-lès-Nancy, le festival de cirque contemporain Les Nuits d'Éole ou encore le festival de musique contemporaine Acanthes, et à jouer un peu partout en France, ainsi qu'en Europe et aux États-Unis.